1986年3月，按照省委、省政府《关于成立省委、省人民政府贫困山区工作领导小组的通知》的要求建立了机构，领导小组下设办公室在省委农村工作部。

    1994年根据省政府办公厅《关于印发云南省人民政府扶贫开发领导小组办公室职能配置、内部机构和人员编制方案的通知》，将省扶贫确定为省政府扶贫开发领导小组的副厅级办事机构。

    1997年6月，升格为正厅级单位，省扶贫办是云南省人民政府扶贫开发领导小组负责全省扶贫开发工作的常设办事机构。

    2009年，根据《中共云南省委办公厅云南省人民政府办公厅关于印发(云南省人民政府机构革实施意见)的通知》(云厅字[2009)2号)，设立了云南省人民政府扶贫开发办公室，为云南省人民政府直属机构，正厅级。

   办公地点在昆明市穿金路199号。